1937年7月7日，日本发动全面侵华战争，中国人民开始了长达八年的抗日战争。11月12日上海沦陷，国民政府首都南京危在旦夕，国民党和国民政府中央各机关及其所属各企事业单位纷纷内撤。11月20日，国民政府正式宣布移驻重庆。 12月1日，国民政府正式驻渝办公。抗日战争胜利后，1946年5月国民政府迁回南京。为适应上述政治、经济新形势的需要，国民政府调整审计机构，充实审计人员，修正并颁布一系列新的审计法规，加强了对财政经济活动的审计监督。