1917年7月，张勋复辟失败后，北京政府拒绝恢复被袁世凯抛弃的国会和临时约法，孙中山于7月21日举起护法旗帜，在广州建立护法军政府。后因西南军阀的破坏与排挤，孙中山被迫于1918年5月4日辞去大元帅职务，离粤抵沪。在沪期间，孙中山将中华革命党改组为中国国民党。1920年11月，孙中山在广东发起第二次护法运动，恢复建立军政府。次年5月，又撤销军政府，建立中华民国政府，就任非常大总统。1922年6月，粤军司令陈炯明突然发动叛乱，第二次护法运动失败。1923年1月孙中山将陈炯明逐出广州，同年2月，在广州设立陆海军大元帅大本营，就任大元帅。1925年3月12日，孙中山因病去世后，大元帅府改组为国民政府，7月1日，中华民国国民政府在广州成立。上述在广州成立的一系列政权组织，史称南方革命政府。孙中山在广州建立陆海军大本营后，设立大本营审计局，这是南方革命政府设立审计机构，开展审计工作的开端。孙中山等人对审计工作比较重视，大本营审计工作具有较高的政治地位。广州国民政府成立后，设立监察院，审计工作成为国民政府党政一体化政治体制的重要组成部分。南方革命政府的审计工作打击和扼阻了国民革命政府贪污腐败现象的滋生和蔓延，为整顿财政、保证政府顺利运转做出了较大贡献，为南方革命政府的经济发展、为国民革命军的北伐创造了条件。这一时期，审计监督从行政体系中独立出来，实行监审合一体制，将对事的监督与对人的监督紧密结合起来，增强了审计的独立性和权威性。广州国民政府颁布的审计法体现了孙中山的民主思想，不仅没有像北京政府时期那样划定审计机关的监督禁区，而且还赋予了审计机关直接移送权、起诉权和确定赔偿责任的决定权，与1914年审计法相比是一大进步。在军阀割据、战事不断的艰难环境中，审计法规的一些规定在当时往往不能付诸实践，但却为南京国民政府进一步完善审计制度提供了宝贵借鉴，产生了深刻影响。