1945年8月15日，日本帝国主义宣布无条件投降。1946年5月，国民政府迁回南京。1949年4月23日，人民解放军解放南京，10月1日，中华人民共和国成立，国民党在大陆的统治宣告结束。

抗日战争胜利初期，中国共产党于1945年8月25日发表《对目前时局的宣言》，提出了“争取和平民主、反对内战独裁”的方针，主张在和平、民主、团结的基础上，建立一个独立、自由和富强的新中国。中国共产党接受国民党的邀请，在重庆进行了和平谈判，于1945年10月10日签订“双十协定”，并于1946年1月10日至31日在重庆召开了由国、共两党和各民主党派参加的中国人民政治协商会议。但是，蒋介石始终不忘建立独裁政府，不久就挑起了旨在消灭中国共产党和中国人民革命力量的内战。

内战爆发后，南京政府为了掩盖其发动内战的实质，进一步加强统治，于1946年11月15日，不顾中国共产党和其它民主党派的坚决反对，擅自召开国民大会，并通过《中华民国宪法》。1947年国民政府改组，试行行政院负责制，进入“宪政时期”。在改组后的国民政府主持下，1948年3月召开了行宪国民大会，蒋介石当选总统，国民政府改为总统府。随着国民党军队的节节失利，1949年国民党政权先后退守广州、重庆，12月败退台湾。

国民政府在军事上遭受失败的同时，经济也陷入严重危机。军政费用开支巨大，财政赤字惊人，入不敷出。1947年财政支出法币100万亿元，而收入只有30万亿元，巨额的财政赤字主要靠大量增发货币弥补，造成了恶性通货膨胀，物价飞涨。以抗战前夕的物价为标准，到1947年7月上涨了6万倍，年底达到14.5万倍，人民生活困苦不堪。由于货币贬值，捐税繁重，民族工商业纷纷倒闭破产，国民党统治区百业萧条，工人大量失业，加速了国民经济的崩溃。

抗战胜利初期，全国出现短暂的和平发展景象，审计工作也有一些新的进展。全面内战爆发后，国民党政权摇摇欲坠，审计职能难以发挥，审计监督也无能为力。