1927年1月，广州国民政府迁至武汉。4月，蒋介石在上海发动“四·一二”事变后，在南京另组国民政府。武汉国民政府的汪精卫等人于7月15日发动分共政变。9月，宁汉合流，南京国民政府正式建立。1928年6月的“二次北伐”结束了北洋军阀政府统治，东北“易帜”后，国民政府完成了形式上对国家的统一。抗日战争全面爆发后，1937年12月国民政府被迫迁至重庆。南京国民政府借鉴北京政府和南方革命政府时期的审计制度，在中央先后设立审计院、监察院审计部，在部分省、市和公营企事业单位设立了审计处和审计办事处，并颁布了审计法等一系列审计法规，加强了审计工作。